Народився Никанор Онацький на хуторі Хоменковому Гадяцького повіту Полтавщини. Закінчив народну школу, а в 1891 році – Гадяцьке повітове училище, де виявив неабиякий хист до малювання. Тож з 1899 року опанував фах художника в Московському Строганівському училищі, Одеському художньому училищі та Петербурзькій Академії мистецтв.

У 1905 році залишає академію та їде в Україну, а з 1906 року починає вчителювати у Лебединській гімназії. Саме у Лебедині Никанор одружується з Надією Кривошеєвою, невдовзі у подружжя народжуються діти.

Паралельно з початком викладання Никанор Онацький публікує свій перший вірш «Погук» у полтавському часописі «Рідний край». В 1908 році бере участь у випуску альманаху «З неволі». Широко відомим як художник Никанор Онацький стає 1911 року, коли в Києві відкривається перша українська художня виставка, де його роботи мали чималий успіх.

З 1913 року викладає в Сумському кадетському корпусі, а 1920 року організовує в місті історико-художній музей і дарує туди свою колекцію картин. Протягом наступних 11 років Никанор Онацький керує музеєм та інтенсивно займається живописом.

З 1928-го року за квартирою Онацьких та музеєм був встановлений нагляд, Никанора Онацького переслідують і цькують. Через це вони були змушені залишити Суми і 1933-го переїздять до Полтави, де Никанору одразу запропонували організувати й очолити відділ етнографії у краєзнавчому музеї.

Наприкінці 1934 року Онацький на кілька місяців потрапляє до полтавської в’язниці, де пише великий цикл віршів «За гратами». 27 липня 1935 року Никанора Харитоновича заарештовують вдруге, але до кінця року митця звільняють. Вже у вересні 1937 року він був вкотре заарештований і звинувачений у контрреволюційній діяльності. 23 листопада 1937 року Никанора Харитоновича Онацького без суду, а лише за постановою особливої «трійки», розстріляли.

У 1956 році Никанор Онацький був посмертно реабілітований. Сьогодні Сумський художній музей його імені, а написані ним полотна зберігаються в музеях Полтави, Сум і Харкова.